システムをIT事業者に作ってもらった場合、そのソースコードの著作権はどちらが持つのですか？

ソースコードには、著作権が発生します。
基本的には、製作者であるIT事業者が持ちます。
もし、業務委託の契約書に、著作権について明記されていれば、それに従うことになります。

上記以外にも、ITに関連する法律がいろいろあります。
知らないことによるリスクを軽減するためにも、ぜひ講座で知識を身につけて頂けたらと思います。